Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Kutoarjo merupakan sebuah lembaga Amal Usaha Muhammadiyah di bidang kesehatan yang merupakan unsur penunjang dakwah persyarikatan Muhammadiyah khususnya di wilayah Pimpinan Cabang Muhammadiyah Kutoarjo.
PKU Muhammadiyah Kutoarjo berdiri sejak tahun 1950. Pada tahun tersebut PKU Muhammadiyah Kutoarjo disebut sebagai Balai Kesehatan Penolong Kesengsaraan Umum Muhammadijah yang terletak di Jalan Raya Nomor 60, Kutoarjo. Pada tahun tersebut terdapat satu juru kesehatan yang bernama Bapak Moengin Somodiharjo dan bekerja di PKU Muhammadiyah Kutoarjo sejak April 1950 sampai dengan 20 Mei 1967.
Pada tahun 1900-an Balai Kesehatan PKU Muhammadiyah Kutoarjo berubah menjadi Balai Pengobatan yang terletak di Jalan Pangeran Diponegoro, Kutoarjo. Sekitar tahun 2000-an, Balai Pengobatan berubah menjadi Balai Pengobatan dan Rumah Bersalin ke Jalan Kauman, No. 6, Kelurahan Kutoarjo. Selama kurun waktu 2 tahun, tepatnya pada tahun 2002, Balai Pengobatan dan Rumah Bersalin tersebut berubah menjadi Klinik Rawat Inap Medik Dasar. Pada 20 Juni 2016 klinik tersebut memiliki ijin operasional klinik dari Dinas Kesehatan dan dinamakan Klinik Utama Rawat Inap PKU Muhammadiyah Kutoarjo.
Di tahun 2023 Klinik Utama Rawat Inap PKU Muhammadiyah Kutoarjo pada bulan Oktober melaksanakan kegiatan akreditasi Klinik bekerjasama dengan LAPKLIN dan dinyatakan lulus Paripurna.
Pada tahun 2024 Klinik Utama Rawat Inap PKU Muhammadiyah Kutoarjo mengajukan perizinan menjadi Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Kutoarjo hingga saat ini.